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Birds of Indian Subcontinent

A Multiplex RT-PCR Test for the Differential Identification of Turkey Astrovirus Type 1, Turkey Astrovirus Type 2, Chicken Astrovirus, Avian Nephritis Virus, and Avian Rotavirus (Prueba múltiple de RT-PCR para la identificación diferencial de Astrovirus

Publication Type:Journal Article
Year of Publication:2007
Authors:J. Day, M, Spackman, E, Pantin-Jackwood, M
Journal:Avian Diseases
Volume:51
Issue:3
Date Published:2007
ISBN Number:00052086
Keywords:Meleagris, Meleagris gallopavo, Pavo, Phasianidae, United States
Abstract:Recent studies have revealed the presence of astroviruses and rotavirus in numerous poorly performing and healthy chicken and turkey flocks in the United States. The phylogenetic analysis of the sequence data produced during these studies has identified four groups of avian astroviruses circulating in the United States: turkey astrovirus types 1 and 2 (TAstV-1 and TAstV-2), avian nephritis virus (ANV), and a chicken-origin astrovirus (CAstV). As the molecular epidemiology of poultry enteric disease is poorly understood, the development of updated diagnostic assays is crucial to the continued surveillance and management of enteric disease in affected as well as healthy flocks. This report details the development of a multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay specific for astroviruses and avian rotavirus in turkey-origin and chicken-origin samples. The assay consists of two multiplex tests, one for turkey-origin samples and one for chicken-origin samples. The turkey sample test differentially identifies TAstV-1, TAstV-2, ANV, and avian rotavirus. The test for chicken-origin samples differentially identifies CAstV, ANV, and avian rotavirus. Assay sensitivity varied by target sequence between approximately 10 copies for avian rotavirus alone and approximately 2 X 10⁶ copies for TAstV-2 in the presence of a heterologous competitor RNA sequence. Each test was shown to be specific for the intended target by testing for cross-reaction with other common avian enteric viruses. The specificity was further shown by testing 109 chicken specimens and 32 turkey specimens from commercial flocks with the appropriate test and sequencing the RT-PCR amplicons to confirm amplification of the correct target. /// Estudios recientes en los Estados Unidos han revelado la presencia de astrovirus y rotavirus en numerosos casos de lotes de pollos y pavos sanos con mal desempeño. El análisis filogenético de la secuencia de datos producida durante estos estudios ha identificado cuatro grupos de astrovirus aviares circulando en los Estados Unidos: Astrovirus del pavo tipo 1 y 2 , virus de la nefritis aviar y astrovirus originados en pollos. Debido a que la epidemiología molecular de las enfermedades entéricas en aves domésticas no está. bien entendida, el desarrollo de pruebas de diagnóstico actualizadas es crucial para continuar la vigilancia y el manejo de la enfermedad entérica tanto en lotes afectados como en lores sanos. Este reporte detalla el desarrollo de una prueba múltiple de reacción en cadena por la polimerasa-transcriptasa reversa específica para astrovirus y rotavirus aviares en muestras de pavos y pollos. El ensayo consiste en dos pruebas múltiples, una para muestras originadas en pavos y otra para muestras originadas en pollos. La prueba para muestras de pavo identifica diferencialmente Astrovirus del pavo tipo 1 y 2, virus de la nefritis aviar y rotavirus aviar. La prueba para muestras originadas en pollos diferencia astrovirus de pollos, virus de la nefritis aviar y rotavirus aviar. Los ensayos de sensibilidad variaron la secuencia blanco únicamente entre aproximadamente 10 copias para rotavirus aviar y aproximadamente 2 X 10⁶ copias de Astrovirus del pavo tipo 2 en la presencia de un competidor heterólogo en la secuencia de RNA. Cada prueba mostró ser específica para el objetivo planeado mediante la realización de pruebas de reacciones cruzadas con otros virus entéricos aviares comunes. La especificidad de la prueba fue ampliamente demostrada probando 109 muestras de pollo y 32 de pavo de lotes comerciales con la prueba adecuada y secuenciando los amplicones resultantes de la prueba RT-PCR para confirmar la amplificación del objetivo correcto.
URL:http://www.jstor.org/stable/4493300
Short Title:Avian Diseases
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